Elle Fanning nació el 9 de Abril de 1998 en Conyers, Georgia, (Estados Unidos). Hizo su primera aparición en la gran pantalla cuando sólo tenía 2 años y 10 meses. Interpretó la versión joven del papel de su hermana, Dakota Fanning, en Yo Soy Sam (2001). Cuando Dakota fue escogida para interpretar a Allie Keys en Abducidos, Elle fue escogida de nuevo para interpretar a Allie a los 3 años. Pero su primer gran papel, sin Dakota, fue en el 2003, como Jamie en la película Papá Canguro, con Eddie Murphy. Más tarde obtuvo papeles en capítulos de CSI Miami, CSI Nueva York y La juez Amy. En el 2004, Elle consiguió un papel en The Door in the Floor (Una mujer difícil), como Ruth Cole, interpretando a la hija de Kim Basinger y Jeff Bridges. Esta película fue la que la hizo conocida ante el público.

En el 2005, Elle apareció en Mi Mejor Amigo, I want someone to eat cheese with y en el cortometraje P.N.O.K. (Primary Next of King).También prestó su voz a Mei, el personaje protagonista de la película japonesa Mi vecino Totoro, a la vez que su hermana Dakota era la voz de Satsuki, la hermana de Mei.

El 2006 ha sido un gran año para Elle, empezó por ser invitada en la serie House, luego en Ley y Orden y en Mentes Criminales. Seguidamente fue aclamada para el papel de Debbie, la hija de Brad Pitt y Cate Blanchet en la película que cierra la trilogía del director Alejandro Gonzales Iñarritu, Babel, y que ha obtenido 6 nominaciones a los Globos de Oro. También apareció en la nueva película del director Tony Scout, Déjà Vu, con Denzel Washington y en dos cortometrajes, Day 73 with Sarah y The Nines.

Más tarde comenzó el rodaje de la serie The Lost Room, en la que Elle tiene un papel bastante importante, interpreta a Anna Miller, la hija del detective Joe Millar (Peter Krause).

Actualmente Elle esta trabajando en el rodaje de Reservation Road, interpreta a la hija de Joaquin Phoenix y Jennifer Connely. En febrero comenzará el rodaje de Gideon’s gift, la película donde podremos ver por primera vez a Elle como protagonista.